L'Istituto annovera, tra le sue strutture, unità di rilevanza internazionale e nazionale.

Per quanto riguarda il livello delle competenze internazionali, sono stati riconosciuti all'IZSLER un centro di collaborazione FAO e quattro laboratori di referenza OIE.

Per quanto attiene le competenze nazionali sono attivi, al momento, dodici centri di referenza nazionale, impegnati principalmente in attività diagnostiche, di collaborazione con altri enti di ricerca, di supporto diagnostico e di indirizzo normativo agli organi statali.