L'attività analitica del CERVES è svolta nei locali di seguito identificati:

1. Zona di isolamento (laboratori e stalle ad elevato contenimento, BSL3+) ove sono espletate tutte le fasi di lavoro che prevedono la manipolazione di virus vescicolari allo stato infettante (ad esempio tutti i test virologici e di sieroneutralizzazione, produzione antigeni diagnostici, fasi di ricerca e sviluppo, ecc..).  In Ottobre 2009 è stata inaugurata una rinnovata struttura BSL3+ (vai), che oltre a soddisfare pienamente i requisiti indicati nel documento "Minimum  standards for Laboratories working with foot-and-mouth disease virus in vitro and in vivo" adottato nella 38° Sessione della EUFMD Commission, Roma Aprile 2009,  è in grado di ospitare le risorse umane e strumentali per un incremento imponente di attività in caso di emergenza diagnostica. La nuova struttura BSL4 include, oltre ai laboratori, uno stabulario attrezzato per animali da esperimento di piccola/media taglia. Sussiste inoltre una zona di volumetria importante (metri 12x12x7, ex termostato dell'impianto di bottiglie rotanti per la produzione di vaccino aftoso) ove sarebbe possibile predisporre impianti pilota (colture cellulari per infezioni su piccola scala, produzione di antigeni, celle di stagionatura di prodotti "contaminati" da patogeni, ecc.), oppure collocare "l'inner core" di un laboratorio di contenimento BSL4 per la manipolazione di patogeni particolarmente pericolosi.
    
2. Zona aperta (laboratori BSL2) costituita da laboratori ove sono espletate le attività compatibili con l'impiego di virus inattivati. La "Zona aperta" comprende una serie di laboratori dislocati ai piani I°, II°, III° dell'edificio denominato "Palazzo Verde"; alcuni di questi sono specificamente adibiti ad attività diagnostiche del CERVES, in particolare i laboratori adibiti ad accettazione/refertazione campioni e all'esecuzione di test sierologici con antigeni inattivati; altri locali, in condivisione con diverse attività del Reparto, sono utilizzati per fasi di lettura di test diagnostici molecolari, per la preparazione dei terreni e substrati cellulari, per la produzione di anticorpi monoclonali con relativa banca di ibridomi, per la preparazione di reagenti diagnostici ricombinanti, quindi "safe", e per attività di ricerca.
    
3. Locali di servizio e uffici.