Il D.Lvo n.270 del 1993, la Legge della Regione Lombardia n.26 del 2000 e la Legge della Regione Emilia Romagna n. 3 del 2000 hanno stabilito i compiti primari dell‘Istituto:


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servizio diagnostico delle malattie degli animali e delle zoonosi; 

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attività di controllo degli alimenti destinati all‘uomo e agli animali; 

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supporto analitico e consultivo dell‘attuazione dei piani di profilassi, risanamento ed eradicazione; 

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ricerca applicata in materia di igiene degli allevamenti e di miglioramento delle produzioni zootecniche e, quindi, del benessere animale; 

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sorveglianza epidemiologica nell‘ambito della sanità animale, igiene delle produzioni zootecniche e degli alimenti; 
 
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ricerca sperimentale applicata e di base nell‘ambito veterinario e degli alimenti.