Il D.Lvo n.270 del 1993, la Legge della Regione Lombardia n.26 del 2000 e la Legge della Regione Emilia Romagna n. 3 del 2000 hanno stabilito i compiti primari dell‘Istituto:
- servizio diagnostico delle malattie degli animali e delle zoonosi; - attività di controllo degli alimenti destinati all‘uomo e agli animali; - supporto analitico e consultivo dell‘attuazione dei piani di profilassi, risanamento ed eradicazione; - ricerca applicata in materia di igiene degli allevamenti e di miglioramento delle produzioni zootecniche e, quindi, del benessere animale; - sorveglianza epidemiologica nell‘ambito della sanità animale, igiene delle produzioni zootecniche e degli alimenti; - ricerca sperimentale applicata e di base nell‘ambito veterinario e degli alimenti.