L‘Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Lombardia e dell‘Emilia-Romagna opera nell‘ambito del SSN come strumento tecnico-scientifico dello Stato e delle due Regioni di  giurisdizione, garantendo ai Servizi Veterinari le prestazioni e la collaborazione in materia di igiene e sanità pubblica.
Per garantire tale operatività nel corso degli anni l‘Istituto ha realizzato una rete di 17 Sedi territoriali distribuite nel proprio territorio di competenza, rispettivamente 9 in Lombardia e 8 in Emilia Romagna, strettamente collegate alla Sede di Brescia.