Laboratorio contaminanti e residui
Nel Laboratorio vengono effettuate di routine le prove atte a verificare il corretto utilizzo dei farmaci antibiotici, antiparassitari e degli additivi nei dei prodotti destinati alla alimentazione animale. In questo Laboratorio vengono inoltre effettuate prove di microbiologia analitica per l'identificazione e il dosaggio delle Sostanze Inibenti negli alimenti di origine animale e negli alimenti ad uso zootecnico, e le ricerche dei costituenti di origine animale (farine) negli alimenti ad uso zootecnico.

Laboratorio micotossine
Nel Laboratorio vengono effettuate di routine le prove chimico-tossicologiche per determinare le contaminazioni relative alle Micotossine (Aflatossine, Fumonisine, Ocratossina, Tossine T2-HT2, Zearalenone, Deossinivanenolo) negli alimenti per l'uomo (animali e vegetali) e negli alimenti ad uso zootecnico.

Laboratorio tossicologia
Nel Laboratorio vengono effettuate di routine tutte le prove chimico-tossicologiche relative agli episodi morbosi di origine non infettiva, atte a determinare le sostanze tossiche responsabili dell'avvelenamento.

Laboratorio pesticidi   
In collaborazione con il laboratorio contaminanti ambientali del Reparto chimica applicata agli alimenti di origine animale, vengono effettuate le prove per la messa a punto di un metodo per la ricerca e quantificazione dei pesticidi negli alimenti di origine vegetale.

Le principali tecniche analitiche utilizzate sono le seguenti:
- Tecniche di screening: TLC (Thin Layer Chromatography), ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay), Microbiologia analitica.
- Tecniche di conferma: HPLC-DAD, HPLC-FLD, LC-MS, GC/MS
- Altre tecniche: microscopica, elettroforetica con rilevazione bioautografica

Oltre all'attività routinaria, il Laboratorio si occupa di:
- sviluppo e messa a punto di metodiche analitiche nuove o preesistenti e della loro validazione secondo quanto prescritto dalla Decisione 2002/657/CE o in conformità ai requisiti indicati dal Regolamento 2004/882/CE.