Il termine zoonosi indica le infezioni naturalmente trasmissibili dall'animale all'uomo. Il controllo delle zoonosi è, con la sicurezza alimentare, un momento centrale dell'attività di sanità pubblica in cui l'Istituto è attivamente coinvolto.

Brucellosi, Tubercolosi, Rabbia, Echinococcosi, Carbonchio, Salmonellosi, Legionellosi, Listerosi, Tularemia, Leptospirosi sono alcune tra le principali zoonosi nel cui controllo l'Istituto è particolarmente impegnato.

Fornisce inoltre un supporto importante all'attuazione dei piani di eradicazione nazionali della Brucellosi e Tubercolosi mediante l'esecuzione di numerosi test e nel monitoraggio diagnostico dei "selvatici" per il controllo della Rabbia e della Tularemia.

Il controllo della Listeria e Salmonella è anche parte integrante della pianificazione nell'ambito della sicurezza alimentare.