La Sede Centrale dell'IZSLER e a Brescia ed e articolata in 3 Aree a loro volta suddivise in Reparti (strutture complesse) e Laboratori (strutture semplici):

- Area Diagnostica
- Area delle Attivita di Servizio
- Area Controllo degli Alimenti e delle Trasformazioni

Nelle Regioni di competenza operano, con prevalente distribuzione provinciale, articolazioni periferiche dell'Istituto: le "Sedi Territoriali". Il raccordo funzionale tra la rete delle Sezioni e la Sede si concretizza in due specifiche aree organizzative regionali:

- Area Territoriale Lombardia
- Area Territoriale Emilia Romagna

L'IZSLER, di concerto con le Regioni ha attivato due "Osservatori per la Sorveglianza epidemiologica":

- SEL (Osservatorio Epidemiologico Veterinario Regione Lombardia)
c/o Sede di Brescia
- SEER (Centro Emiliano Romagnolo di Epidemiologia Veterinaria)
c/o Sezione di Bologna
le cui funzioni sono eminentemente di consulenza tecnico-scientifica e informativa, riguardanti la sanita animale e l'igiene degli alimenti che coinvolgono le attivita delle AA.SS.LL., delle Strutture centrali e territoriali dell'Istituto e dei Servizi Veterinari Regionali.

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La Direzione Amministrativa e articolata nelle seguenti cinque Unita Operative:

- U.O. Affari Generali e Legali
- U.O. Gestione delle Risorse Umane e Sviluppo Competenze
- U.O. Gestione Servizi Contabili
- U.O. Provveditorato Economato e Vendite
- U.O. Tecnico Patrimoniale

In staff alla Direzione Amministrativa sono collocati i Sistemi Informativi.