Il Centro di Referenza Nazionale per il Benessere Animale opera nell'ambito della ricerca di base e applicata, nella divulgazione scientifica e nella formazione relativamente alla protezione degli animali. Diversi specialisti si occupano singolarmente o in team delle specie di interesse zootecnico, degli animali da compagnia, degli animali selvatici a vita libera o detenuti in cattività. Il centro si occupa di promuovere la ricerca nell'ambito della disciplina del benessere animale, in particolare nello sviluppo di parametri oggettivi che consentano di valutare in modo accurato e omogeneo lo stato di benessere degli animali in tutte le fasi della loro vita. Il campo di indagine interessa quindi tutta la fase di allevamento, ovvero  la parte più consistente della vita zootecnica dell'animale, ma anche il trasporto e la macellazione, eventi più circoscritti da un punto di vista temporale ma senza dubbio molto stressanti per l'animale.
L'attività di formazione rappresenta un compito precipuo del centro che si occupa di attività formative destinate ai Medici Veterinari e a tutti gli operatori coinvolti nell'allevamento, nel trasporto o nella macellazione degli animali.