Anche questi sono parametri merceologici, rilevanti per l'apporto nutritivo di latte e prodotti derivati, ma sono soprattutto determinanti per la resa casearia del latte.
E' dalla quantità di caseine (in particolare della Caseina K) che dipende, principalmente anche se non esclusivamente, la quantità di formaggio ottenibile dal litro di latte, in qualunque processo produttivo caseario.
Anche per questo, il tenore in proteine è da sempre il parametro "più premiato e più penalizzato" nei sistemi di calcolo del pagamento del latte. La determinazione della frazione caseinica (che l'IZSLER per primo in Italia ha reso possibile con metodiche analitiche di screening applicabili a grandi numeri di campioni a partire dal 2004) ha consentito di affinare ulteriormente la corretta valutazione di questo aspetto compositivo del latte: è indubbio infatti che la frazione caseinica, più di quella proteica in generale, sia direttamente correlata alla resa casearia.

 
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Il valore medio annuale delle proteine dopo i notevoli incrementi osservati nei primi anni '90, in parte determinati proprio dal sistema di pagamento differenziato, ha mostrato una tendenza di continuo, lento e progressivo miglioramento. Da questo punto di vista il leggero incremento che si osserva negli ultimi cinque anni assume ancor maggior significato in quanto, come noto, migliorare situazioni già buone è decisamente più difficile di ottenere risultati in condizioni insufficienti. Fattori climatici, scelte nutrizionali e soprattutto selezione degli animali e livello di spinta produttiva sono i fattori che incidono contemporaneamente su questi parametri. Tenendo presente che stiamo comunque riferendoci a dati medi complessivi a livello regionale è evidente che, con la ineliminabile variabilità, questo miglioramento è da considerare generalizzato e sostanzialmente ormai acquisito.

Proprio per questo riteniamo ormai indispensabile cercare di realizzare un ulteriore passo in avanti in questa direzione. Ormai più che assodate (ed in parte già realizzate) le potenzialità della selezione genetica sui "tori miglioratori" pare infatti giunto il momento di estendere la selezione alla componente genetica delle femmine in relazione alla tipizzazione degli alleli genetici per i differenti componenti della caseina K. Gli strumenti analitici per questo tipo di indagine sono già disponibili: sia a livello di latte di massa per una prima categorizzazione delle mandrie sia a livello di singolo animale per la selezione delle rimonte. 

 
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Anche per questi parametri si osserva che il calo tradizionale calo dei mesi caldi seppur con minor intensità rispetto a quello del grasso. Nell'ultimo anno è possibile apprezzare un livello di caseine leggermente superiore a quello degli anni precedenti, meno evidente invece nel caso delle proteine (da cui l'incremento osservato nell'indice di caseina calcolato per l'anno).