L‘attività del Reparto si esplica nell‘esecuzione dei controlli chimici su alimenti e mangimi provenienti dalle filiere delle produzioni animali. Le tipologie di prove e controlli sono assai diversificate, spaziano dai controlli della conformità a quanto dichiarato in etichetta, alla presenza di additivi consentiti o non, alla presenza di contaminazioni ambientali, ed anche alla rilevazione della presenza di sostanze vietate (o soggette a limiti di utilizzo) nei mangimi e nei prodotti alimentari finiti.Il Reparto supporta con le attività di laboratorio le autorità competenti in materia di sanità pubblica e di repressione delle frodi (Servizi Veterinari ASL, NAS, UVAC, PIF, USMAF, SIAN, ecc.), opera sia nell‘ambito di programmi di campionamento o di specifiche indagini sia nel sistema dell‘ "autocontrollo".
Le attività di servizio sono ripartite fra : 
 
- LABORATORIO CONTAMINANTI E RESIDUI  
- LABORATORIO MICOTOSSINE  
- LABORATORIO TOSSICOLOGIA  
- LABORATORIO PESTICIDI
Il personale strutturato è al momento costituito da 3 dirigenti (1 veterinari, 2  chimici) e da 9 fra tecnici di laboratorio, operatori tecnici ed amministrativi