Il Centro di Referenza Nazionale per il Benessere Animale collabora attivamente con:

- Università degli Studi di Milano - Dipartimento di Scienze Veterinarie e Sanità Pubblica
- Istituto Zooprofilattico delle Venezie
- CRPA, Centro Ricerche e Produzioni Animali S.p.A.
- CRA Unità di Ricerca per la suinicoltura di Modena
- Dipartimento di morfofisiologia veterinaria e produzioni animali dell‘Università di Bologna
- Centro Interdisciplinare di Bioacustica e Ricerche Ambientali dell‘Università di Pavia
- Associazione Regionale Allevatori della Lombardia