L’Istituto zooprofilattico procede alla nomina dei direttori di Dipartimento in attesa di riorganizzazione dell‘ente. L‘incarico di Direttore di Dipartimento è affidato con decreto dal Direttore Generale su base fiduciaria, sentito il Direttore Sanitario o Amministrativo secondo l‘ambito di competenza, a uno dei direttori di struttura complessa che abbia presentato la propria candidatura; è conferito per 3 anni ed è rinnovabile.
 
Con Decreto del Direttore Generale n. 91 del 28.04.2020 sono stati conferiti gli incarichi di Direttore di Dipartimento su base fiduciaria, ai sensi dell‘art. 10 del Regolamento approvato con la delibera del Consiglio di Amministrazione n. 7 del 2019, ai seguenti dirigenti responsabili di Struttura Complessa:

- AREA TERRITORIALE LOMBARDIA, cui afferiscono le Strutture Complesse: Sede Territoriale di Cremona- Mantova, Sede Territoriale di Lodi - Milano, Sede Territoriale di Bergamo - Sondrio Binago, Sede Territoriale di Brescia, Sede Territoriale di Pavia: Dott. Giorgio Varisco;
- AREA TERRITORIALE EMILIA ROMAGNA, cui afferiscono le Strutture Complesse: Sede Territoriale di Forlì - Ravenna, Sede Territoriale di Parma - Piacenza, Sede Territoriale di Bologna - Modena - Ferrara, Sede Territoriale di Reggio Emilia: Dott. Giuseppe Merialdi;
- DIPARTIMENTO TUTELA E SALUTE ANIMALE, cui afferiscono le Strutture Complesse: Reparto Virologia, Reparto Tecnologie Biologiche Applicate, Reparto Virus Vescicolari e Produzioni Biotecnologiche: Dott. Antonio Lavazza;
- DIPARTIMENTO SICUREZZA ALIMENTARE, cui afferiscono le Strutture Complesse: Reparto Chimica degli Alimenti e Mangimi, Reparto Chimico degli Alimenti (Bologna), Reparto Controllo Alimenti, Reparto Produzione Primaria: Dott. Giorgio Fedrizzi
- DIPARTIMENTO AMMINISTRATIVO, cui afferiscono le Strutture Complesse: U.O. Affari Generali e Legali, U.O. Gestione Risorse Umane e Sviluppo Competenze, U.U. Gestione Servizi Strumentali, le Strutture Semplici U.O. Gestione Servizi Contabili e U.O. Sistemi Informativi: Dott.ssa Lauretta Cocchi