Il Consiglio di Amministrazione è l‘organo di indirizzo politico dell‘Istituto.
Svolge tale compito in coerenza con gli obiettivi generali, le priorità e gli indirizzi delle programmazioni regionali.
Sono inoltre assegnati compiti di coordinamento e verifica delle attività dell‘Istituto.

In particolare approva:
lo statuto e le relative modifiche; l‘atto di organizzazione aziendale, la graduazione delle posizioni dirigenziali e il fabbisogno di personale, su proposta del direttore generale; il piano pluriennale delle attività e degli investimenti predisposto dal direttore generale; il bilancio preventivo economico annuale e il bilancio d‘esercizio predisposti dal direttore generale; il tariffario delle prestazioni erogate a titolo oneroso, la relazione programmatica annuale e la relazione gestionale annuale sull‘attività svolta dall‘Istituto predisposte dal direttore generale e le trasmette alle Giunte Regionali con eventuali osservazioni; l‘istituzione di una nuova sezione ovvero la soppressione di una già esistente su proposta del direttore generale; le variazioni del patrimonio immobiliare; la nomina o la designazione, sentite le Regioni Lombardia ed Emilia-Romagna, di rappresentanti dell‘Istituto in enti partecipati e/o controllati; tutti gli atti di competenza dell‘organo di indirizzo politico ai sensi della vigente normativa
Il Consiglio di Amministrazione è composto da cinque membri dei quali due designati dalla Regione Lombardia, due dalla Regione Emilia-Romagna e uno dal Ministero della Salute, che durano in carica quattro anni e possono essere confermati non più di una volta.
Alla nomina del Consiglio di Amministrazione provvede, a seguito delle designazioni effettuate, il Presidente della Regione Lombardia, con proprio decreto.

Il Consiglio di Amministrazione è composto da:
PRESIDENTE
Dott. Paolo Cozzolino

VICE PRESIDENTE
Dott. Alberto Palma
                                                      
CONSIGLIERI
Dott. Marco Delledonne
Dott. Mario Chiari
Dott.ssa Flavia Piccinelli